Japan im Jahr 1614. Das gerade erst unter Shogun Tokugawa geeinte Land benötigt nicht länger die Hilfe der Shinobi, die zuvor für die verfeindeten Fürsten gekämpft hatten. Da sie übermenschliche Fähigkeiten entwickelt haben, sieht Tokugawa den Frieden in Gefahr und schmiedet einen Plan, um sie loszuwerden. Die KriegerInnen stammen aus zwei verfeindeten Clans, daher lässt er die jeweils fünf besten KämpferInnen gegeneinander antreten. Allerdings hat er nicht damit gerechnet, dass sich zwei seiner ausgewählten Opfer ineinander verlieben könnten.
Shinobi ist ein romantischer Actionfilm, eine gelungene Mischung aus Romeo und Julia und den X-Men. Vor dem Hintergrund historischer Tatsachen ist ein Fantasystreifen entstanden, der den Vergleich mit anderen asiatischen Blockbustern nicht scheuen muss.