Der Etat des Weltjugendtags umfasste 93 Millionen Euro. Etwa 45 Prozent davon kamen aus öffentlichen Mitteln, also von EU, Bund, Land und der Stadt Köln, sowie der katholischen Kirche, der Rest wurde durch Spenden und die TeilnehmerInnenbeiträge gedeckt.
Die 27 deutschen Diozösen steuerten 26 Millionen Euro bei, allerdings nur als Darlehen. Sollte die veranstaltende Weltjugendtag GmbH Gewinn erwirtschaftet haben, muss sie dieses zurück zahlen.
Die rund 15 Millionen Euro vom Staat sind dagegen geschenkt. Allein 7,5 Millionen trägt der Bund, für die Stadt Köln waren Kosten in Höhe von 1,5 Millionen Euro geplant. Zu den Ausgaben des öffentlichen Hand kommen die Kosten für Polizei, Feuerwehr und Katastrophenschutz hinzu, ebenfalls mehrere Millionen Euro. Die Auslagen für den Einsatz der Awacs-Aufklärungsflugzeuge während des Papst-Besuchs trug die Nato.